Criado em 1988, o Programa de Pós Graduação da UFMA, Mestrado em Educação esteve inicialmente marcado por condições internas e externas adversas ao funcionamento do curso. A partir de 1993 tem início o processo de construção da autonomia institucional para a oferta do curso de mestrado, priorizando a sua reorganização, o que culminou com a recomendação do curso pela CAPES e o seu reconhecimento pelo CNE em março de 2001, caracterizando-se como um processo de busca de consolidação.
O programa tem por finalidade básica contribuir para a produção e socialização de conhecimentos científicos na área da educação brasileira, formando em nível de mestrado, docentes pesquisadores voltados para a educação maranhense e brasileira, em articulação com o contexto internacional.
Em seu processo evolutivo o curso vem consolidando essa finalidade sem desconsiderar as demandas das novas condições sócio-históricas, do processo de avaliação interna e externa obtidas através das recomendações da CAPES, bem como do perfil do corpo discente e de suas expectativas.
Em consonância com tais demandas, o curso passou a ser organizado por linhas e grupos de pesquisa e não mais por área de concentração.
Todos esses elementos que marcaram a implantação e reestruturação do curso de Pós-Graduação em Educação foram impulsionados também por um intenso esforço na ampliação do quadro docente, cuja mudança trouxe implicações importantes no que se refere à estrutura didático–científica do curso com a criação de duas linhas de pesquisa - Estado e Gestão Educacional e Instituições Escolares, Saberes e Práticas Educativas - as quais dão origem e organização curricular ao curso, assim como articulam os projetos de pesquisa.
Assim sendo, a partir dos anos 2000, grupos e linhas de pesquisa vão se estruturando e se articulando de forma mais dinâmica em virtude da necessidade do aprofundamento teórico-metodológico do campo educacional brasileiro e maranhense e do intercâmbio com outras IES e, ainda, possibilitando maior inserção na realidade educacional maranhense.